甲基化测序简介
DNA的甲基化修饰(DNA methylation)是基因表达调控的一种重要手段,主要原理为:通过对位于启动子及第一外显子区的CpG岛的甲基化而抑制基因的表达(对于GC%含量>57%,片段长度>250bp的DNA片段定义为CpG岛)。
基因组DNA甲基化分布的有序建立和维持对保证个体正常发育至关重要,甲基化调控机制的异常,可导致细胞功异常,比如细胞癌变,因此基因甲基化研究是肿瘤机制研究中的一大热点。
DNA甲基化状态的确定主要是通过甲基化测序来实现:样本经亚硫氢酸盐处理后,甲基化的胞嘧啶(C)保持不变,但非甲基化的胞嘧啶被转化成脲嘧啶,因此在利用该处理产物作为模板的PCR产物中,甲基化的胞嘧啶还是胞嘧啶,但非甲基化胞嘧啶变成了脲嘧啶(胸腺嘧啶),此时检测到的胞嘧啶(C)即是样品中本身的甲基化位点。
第二代高通量测序技术的发展,使一次实验检测样品中目标区域甚至全基因组范围内大量DNA甲基化位点成为可能,为深入的表观遗传调控分析提供了更有利的切入点。
华因康甲基化测序技术
-
采用Pstar系列高通量基因测序仪
技术特点
- 连接测序法,准确率高达99.9%;
- 测序规模大,每个位点可覆盖50-300次以上;
- 数据分析可靠;
技术路线
- 样品DNA提取;
- 亚硫氢酸盐处理DNA样品;
- 处理样品打碎,建成DNA文库;未处理样品建库成对照DNA文库;
- E-PCR扩增后,使用Pstar II测序仪进行测序。
- 数据分析,得到目标序列甲基化图谱。
样品要求
1、组织材料:
细胞(≥106 个)、组织(≥300mg)、血液(≥1ml)、血清(≥1.5ml)等。
2、基因组DNA:
体积≥100μl,浓度≥50 ng/μl,OD260/280:1.7-2.0。
请提供基因组DNA样品的体积、浓度、制备时间、溶剂名称及来源等具体信息。同时请附上相关QC数据,包括电泳胶图、分光光度或Nanodrop仪器检测数据。